Kdy a kým byla škola v Záboří založena, není známo. Za zakladatele je možno považovat pány ze Záboří, kteří tu sídlili ve svém zámku vedle kostela a pro svou čeleď a poddané někdy v XVII. století tuto školu založili. Škola měla podle dochované pověsti stát na místě, kde je stará hlavní školní budova. Škola byla dřevěná, byla zničena požárem na konci XVIII. století. Obvod školy v XVII. a XVIII. století zahrnoval tyto obce: Záboří, Lažánky, Jindřichovice, Blatenka, Mračov, Bratronice, Milčice, Lažany, Doubravice, Čečelovice, Slivonice.
Po vyhoření školy byla zřízena jedna prostorná vyučovací třída v dřevěném domku č. 33 v Záboří. Budova nebyla vůbec opravována a v polovině XIX. století hrozilo sesutí. Proto bylo v prosinci 1859 rozhodnuto o výstavbě nové školy. Stavba byla provedena v průběhu dvou let nákladem 9 000 zlatých.Vyučování v nové škole bylo slavnostně zahájeno 13.10. 1861. Vyučovalo se ve dvou třídách v poschodí, v přízemí byl byt pro řídícího učitele a podučitele. Ve školním roce 1871-1872 vzrostl počet dětí na 337. Vzhledem k tomuto vysokému počtu se od příštího školního roku začalo vyučovat ještě v jedné místnosti na bývalém panském špýcharu. V roce 1882 bylo rozhodnuto o provedení přístavby školy, která stála 2259 zlatých.
Poslední velká přestavba staré školní budovy byla dokončena k 1.září 1953. I přes tyto úpravy nebyl počet tříd dostatečný, a proto se až do roku 1969 učilo v jedné třídě na faře a ve třídě v bývalém sále. 1.září 1969 byl slavnostně předán do užívání školní pavilon, který dnes slouží mateřské školce, školní dílně a kuchyňce. Škola neměla vlastní tělocvičnu. Tato situace byla vyřešena výstavbou sportovní haly, která byla otevřena v únoru 1976. Velmi složité bylo rovněž stravování, neboť ve škole rovněž chyběla kuchyně, a tak žáci museli na obědy docházet mimo budovu.
Nevyhovující stav školy (hygienické podmínky, málo učeben) vedl ke stavbě nové budovy v těsné blízkosti sportovní haly. Vyměřovací práce začaly v listopadu 1985 a budova byla slavnostně otevřena 4. listopadu 1988. Školní jídelna byla zkolaudována až o tři roky později v květnu 1991. Všechny tři budovy byly navzájem propojeny, čímž odpadlo dřívější složité přecházení mezi jednotlivýmí částmi školy. Ve školním roce 2004/2005 došlo ke sloučení 1.a 3. a 2.a 4. třídy z důvodu nedostatku žáků ve zmíněných třídách. Školu tedy navštěvují v 7. ročnících žáci ze Záboří, Bratronic, Doubravice, Nahošína, Zadních Zborovic, Mečichova, Hlupína, Čečelovic, Slivonic, Lažánek a Blatné. V ZŠ a MŠ Záboří působí v současnosti 10 pedagogických a 6 hospodářských pracovníků.